Mhm, nastavil jsem si klávesovou zkratku pro spouštění terminálu v Ubuntu a od té doby se mi spouští v kořenovém adresáři (/) místo mého home (~). Problém vyřešen. V nastavení klávesových zkratek je třeba uvést příkaz gnome-terminal --working-directory=/home/uzivatelske_jmeno. Nikoliv prosté gnome-terminal. Některé věci jsou prozaičtější než bych si myslel.